近亲结婚有哪些危害？近亲是指直系血亲和三代以内的旁系血亲。我国的婚姻法明确规定：直系血亲和三代以内的旁系血亲禁止结婚。直系血亲的关系也即父母与子女、祖父母与孙子女、外祖父母与外孙子女等；三代以内的旁系血亲是指兄弟姐妹、堂兄弟姐妹、叔伯姑与侄子女、姨舅与外甥(女)等。近亲婚配对于人类的危害在于它会增加隐性基因疾病的发生率。
近亲结婚的危害有哪些呢？有些人可能携带某些遗传性疾病的基因，但外观上并不表现出该疾病的症状，我们称之为“隐性遗传病携带者”。而相同血缘的近亲有很大的可能是携带同一种疾病的基因，如果携带同种遗传性疾病的基因的两个近亲结合，那么他们的后代就会将父母隐性遗传病外显出来而成为显性，从而表现出疾病的症状和体征，所以患遗传性疾病的机会就增加了；如果与不是相同血缘的其他人结合，携带同一种遗传性疾病基因的的机会就很小，那么他们的后代患遗传性疾病的机会就大大地减少了。有统计表明，近亲结婚后他们的下一代儿童死亡率比非近亲结婚的高出3倍，其后代遗传性疾病的发病率比非近亲结婚的高出150倍。
在人类的群体中，常常由于地理环境、交通、民族、宗教等原因，造成一些特殊的“隔离群”。他们只与本群内居民婚配，久而久之，群内居民就建立起了错综复杂的亲缘关系，甚至使全体成员都接近或者达到了“近亲”的程度。在那里常常会发现一些罕见的遗传病流行，这就是长期实行群内婚配的结果。
所以，为了家庭长久的幸福，有效地控制遗传性疾病的发生率，近亲不是能结婚。即使已经成婚的，在考虑怀孕之前也应该进行遗传咨询，出生后的孩子应加强随访，定期检查。如果第一个孩子生后患遗传性疾病，是不是生第二胎应去医院进行遗传咨询，如果抱着侥幸的心理冒险再生一个，往往第二胎再患病的可能性远远高于正常人群。
如果在一级表亲和二级表亲之间有一级隔代表亲和一级隔山表亲通婚，则近亲指数就是1/32 ＝ 0.03125，其他类型依次类推。假设一种遗传病在人群中的比例是1/1000：
非近亲通婚的后代患病风险为1/500 × 1/500 × 1/4 = 1/1000000(百万分之一）；
二级表亲通婚后代患病风险为1/500 × 1/64 × 1/4 = 1/128000
一级表亲通婚后代患病风险为1/500 × 1/16 × 1/4 = 1/32000
兄妹通婚的后代患病风险为1/500 × 1/4 × 1/4 = 1/8000
与非近亲结婚相比，二级近亲的风险增大7.8倍；一级近亲的风险增大31倍；兄妹通婚的风险率则是正常随机婚配的125倍！
如果按照专家的提示，每个人可能携带有几个甚至10几个隐性的有害基因的话，近亲通婚后代患病的风险还会更高。比如糖原储积症这一常染色体隐性遗传病，它的可能类型很多，其基因由17个以上的外显子构成，不同外显子发生突变的人结婚后代不会产生异常，而两个完全相同的外显子的配对，通常是产生于近亲通婚。
有人说不同民族之间通婚会增加癌症的发病率，这是完全没有科学根据的。现代人类没有生殖隔离，也没有种之分，白人、黑人和黄种人都是血缘关系十分相近的同种。用谁都能看得懂的例子来说，一个黑人和一个白人之间的分子上的差异，可能比一个北京人和一个上海人之间的遗传差异还小。这就是遗传学上所定义的族内个体之间的差异可能大于族间个体的差异。
还有人用我国的某些少数民族来举例，说那里的近亲通婚使得那里的人个个长得漂亮，双眼皮大眼睛等等，并以此来论证近亲通婚的好处。这种想法是自然的，但是这种宣传是荒谬和不负责任的。双眼皮的特征本身是一个重要的遗传特征，由于南方少数民族大都带有这个遗传特征，因此不论近亲通婚与否，都会表现出这个特点，而与近亲结婚毫无关系。
下表所列是不同等级的近亲婚配中的所患常染色体隐性遗传病的近婚系数。
近亲婚配类型及其近婚系数
近亲婚配类型 亲缘级别 近婚系数（ F ）
父母与子女之间 一级 1/4
同胞兄妹之间 一级 1/4
同父异母或同母异父的半同胞之间 二级 1/8
叔侄女之间 二级 1/8
舅甥女（或姑侄）之间 二级 1/8
表兄妹之间 三级 1/16
堂兄妹之间 三级 1/16
半表兄妹之间 四级 1/32
二级表兄妹（从表兄妹）之间 五级 1/64
如果是 X 染色体上的隐性基因，由于女性有两条 X 染色体，可能从共同祖先处获得纯合性基因型，而男性是半合子，不存在纯合的问题，故近亲婚配对所生男孩没有影响。或者说，如果确定某致病基因属 X 连锁隐性遗传，姑表兄妹或堂兄妹的婚配不会将该病遗传给他们的子女，但舅表兄妹或姨表兄妹婚配后 X 连锁基因的遗传风险较常染色体大。
近亲婚配对后代的影响，主要表现在增加隐性遗传病的发病率，而且先天畸形、早产和流产、幼儿夭折的风险也增加。在评价近亲婚配对群体的危害时，通常需在调查各类近亲结婚的基础上，计算出平均近婚系数（以 a 值表示）。 a 值越大，对群体的危害越大。一般以 a 值为 0.01 （即 1% ）为高值。通常在发达、开放的社会中， a 值较低，封闭、隔离或有特殊风俗的社会中 a 值较高。 1980 到 1981 年，我国对北京地区的汉族人口调查表明，其近亲婚配率为 1.4% ，平均近婚系数为 0.067% 。
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